Instalación de Paquetes en R

class: center, middle, inverse, title-slide

.title[
# Instalación de Paquetes en R
]
.author[
### Felipe Antonio Dzul Manzanilla
]
.date[
### 2022: Last compiled 2022-09-27
]

---

class: left, top

<div>
<style type="text/css">.xaringan-extra-logo {
width: 100px;
height: 150px;
z-index: 0;
background-image: url(https://www.gob.mx/cms/uploads/action_program/main_image/26942/post_post_portadavectores.gif);
background-size: contain;
background-repeat: no-repeat;
position: absolute;
top:1em;right:1em;
}
</style>
<script>(function () {
  let tries = 0
  function addLogo () {
    if (typeof slideshow === 'undefined') {
      tries += 1
      if (tries < 10) {
        setTimeout(addLogo, 100)
      }
    } else {
      document.querySelectorAll('.remark-slide-content:not(.title-slide):not(.inverse):not(.hide_logo)')
        .forEach(function (slide) {
          const logo = document.createElement('div')
          logo.classList = 'xaringan-extra-logo'
          logo.href = null
          slide.appendChild(logo)
        })
    }
  }
  document.addEventListener('DOMContentLoaded', addLogo)
})()</script>
</div>

# **Temas**
<hr style="height:2px;border-width:0;color:#330019;background-color:#330019">

- Instalación de R.
&nbsp;

- Instalación de RStudio.
&nbsp;

- Instalación de paquetes en CRAN.
&nbsp;

- Instalación de paquetes en github.
&nbsp;

- Instalación de paquetes tar.gz
&nbsp;

- Instalación de paquetes para el análisis espacial y análisis espacio temporal.
&nbsp;

- Instalación de paquetes desarrollados por el departamento.

---
# **CRAN**
<hr style="height:2px;border-width:0;color:#330019;background-color:#330019">

[CRAN The Comprehensive R Archive Network](https://cran.r-project.org/)

[https://cran.r-project.org/](https://cran.r-project.org/)

En la consola de R o RStudio se corre el siguiente comando para
para instalar el paquete:

Para un paquete.

```r
#install.packages("ggplot2")
```

Para varios paquetes.

```r
#install.packages(c("ggplot2", "sf", "tmap"))
```

Con el siguiente comando se puede verificar que se instalo correctamente.

```r
library(ggplot2)
```

---
# **github**
<hr style="height:2px;border-width:0;color:#330019;background-color:#330019">

[github](https://github.com/)

[https://github.com/](https://github.com/)

Para instalar paquetes alojados en [github](https://github.com/) primero se debe instalar uno de los siguientes paquetes:

Instalación de devtools

```r
#install.packages("devtools")
```

Instalación de remotes

```r
#install.packages("remotes")
```

& a continuacion correr el siguiente comando.

```r
#devtools::install_github("fdzul/dendata")
```

---
# **github**
<hr style="height:2px;border-width:0;color:#330019;background-color:#330019">

Instalación de pak

```r
#install.packages("pak")
```

& a continuacion correr el siguiente comando.

```r
pak::pkg_install("fdzul/dendata")
```

```
##  
## → Will install 1 package.
## → Will download 1 package with unknown size.
## + dendata   0.1.0 [bld][cmp][dl] (GitHub: 335e905)
## ℹ Getting 1 pkg with unknown size
## ✔ Cached copy of dendata 0.1.0 (source) is the latest build
## ℹ Packaging dendata 0.1.0
## ✔ Packaged dendata 0.1.0 (471ms)
## ℹ Building dendata 0.1.0
## ✔ Built dendata 0.1.0 (1.5s)
## ✔ Installed dendata 0.1.0 (github::fdzul/dendata@335e905) (61ms)
## ✔ 1 pkg: added 1 [5.2s]
```

---
# **tar.gz** & **Archivos binarios**
<hr style="height:2px;border-width:0;color:#330019;background-color:#330019">

Para instalar los paquetes desde los archivos **tar.gz** se corre el siguiente comando:

```r
install.packages("C:/Users/felip/Downloads/ggplot2_3.3.5.tar.gz",
                 repos = NULL, 
                 type = "source")
```

Para archivos binarios en WINOS (zip)

```r
install.packages("C:/Users/felip/Downloads/ggplot2_3.3.5.zip", 
                 repos = NULL, 
                 type = "win.binary")
```

Para archivos binarios en MACOS (tgz)

```r
 install.packages("C:/Users/felip/Downloads/ggplot2_3.3.5.tgz", 
                 repos = NULL, 
                 type = "source")
```

---
# **Paquetes para el análisis espacial**
<hr style="height:2px;border-width:0;color:#330019;background-color:#330019">

Primero se debe entrar a la página de [CRAN task view](https://cran.r-project.org/web/views/)

Instalación de ctv (CRAN task View)

```r
#install.packages("ctv")
```

Instalar todos los paquetes para el análisis espacial

```r
# ctv::install.views("Spatial")
```

Instalar todos los paquetes para el análisis espacio-temporal

```r
# ctv::install.views("SpatioTemporal")
```

---
# **Paquetes de Vectores**
<hr style="height:2px;border-width:0;color:#330019;background-color:#330019">

El Departamento de Prevención y Control de Enfermedades Transmitidas por Vector de la Secretaría de Salud de Veracruz ha desarrollado en colaboración con el CENAPRECE e InDRE, los siguientes paquetes:

1) [denhotspots](https://fdzul.github.io/denhotspots/)
   
   2) [deneggs](https://fdzul.github.io/deneggs/)
   
   3) [boldenr](https://fdzul.github.io/boldenr/)
   
   4) [rgeomex](https://fdzul.github.io/rgeomex/)
   
Primero hay que instalar otros paquetes de R y otros software (SatScan).

---
# **Instalacion de otro paquetes y sofwarte**
<hr style="height:2px;border-width:0;color:#330019;background-color:#330019">

[SaTScan™](https://www.satscan.org/)

```r
#install.packages("rsatscan")
```

```r
devtools::install_github("thanhleviet/knox")
```

```r
devtools::install_github("davidsjoberg/similiars", )
```

---
# **Instalación**
<hr style="height:2px;border-width:0;color:#330019;background-color:#330019">

[rgeomex](https://fdzul.github.io/rgeomex/)

```r
pak::pkg_install("fdzul/rgeomex")
```

```
## ℹ Loading metadata database
## ✔ Loading metadata database ... done
## 
##  
## ℹ No downloads are needed
## ✔ 1 pkg + 29 deps: kept 26 [3.1s]
```

[denhotspots](https://fdzul.github.io/denhotspots/)

```r
devtools::install_github("fdzul/denhotspots")
```

[boldenr](https://fdzul.github.io/boldenr/)

```r
devtools::install_github("fdzul/boldenr")
```

---
# **Paquete deneggs**
<hr style="height:2px;border-width:0;color:#330019;background-color:#330019">

1) Instalar primero el paquete [INLA](https://www.r-inla.org/)

```r
#install.packages("INLA",repos=c(getOption("repos"),INLA="https://inla.r-inla-download.org/R/stable"), dep=TRUE)
```

2) Instalar deneggs

```r
#devtools::install_github("fdzul/deneggs")
```

---
# **INLA in MAC OS**
<hr style="height:2px;border-width:0;color:#330019;background-color:#330019">

En mac se requiere instalar [X11](https://www.baeldung.com/linux/x11), ya sea por medio de [xcode](https://developer.apple.com/xcode/) o [XQuartz](https://www.xquartz.org/)

[XQuartz]()

1) abrir la terminal

2 ir a la pagina de [Homebrew](https://brew.sh/)

3) copiar y pegar el siguiente link en la terminal

```r
# /bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"
```

4) ejecutar el siguiente código en la terminal

```r
# brew install xquartz
```

---

# Thanks!

&nbsp;

- ***Bio*** : https://fdzul.github.io/web_site_fadm/

- ***email***       :     felipe.dzul.m@gmail.com

- ***celular***     :     228 229 3419

- ***slides***:     https://animated-longma-729cee.netlify.app/talks/pkg_intallation/#1

.footnote[La presentación fue creada via [**xaringan**](https://github.com/yihui/xaringan),
[**revealjs**](https://revealjs.com/),
[remark.js](https://remarkjs.com), [**knitr**](http://yihui.name/knitr),
& [R Markdown](https://rmarkdown.rstudio.com) en [R]() & [RStudio](2.R_Scripts/libs/rstudio_leaflet/rstudio_leaflet.css).]